ゼムリア大陸西部、クロスベル自治州。この地で遊撃士を目指す少年ナハト・ヴァイスは、待ちに待った遊撃士資格の認定試験当日、珍しい黒髪をした少女と出会う。彼女の名前はクロエ・バーネット。

クロエもまた、遊撃士資格を取得するためにリベール王国からやって来たのだという。

偶然にも同時に認定試験を受けることとなった二人は、遊撃士協会クロスベル支部の受付・ミシェルが口にした『特務支援課』という聞き慣れない部署名を気にしながらも、試験会場であるクロスベル地下、ジオフロント区画へと向かって行く。

それが、ナハトとクロエ、新米凸凹遊撃士コンビによる壮大な冒険の始まりであった―。

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